Wydawnictwo Wyższej Szkoły Ekonomii i Informatyki wydaje przede wszystkim Zeszyty Naukowe z zakresu szeroko rozumianej problematyki ekonomicznej. Numer pierwszy w założeniu miał dokumentować artykuły zaprezentowane podczas konferencji naukowej, zorganizowanej przez Zakład Zarządzania Przedsiębiorstwem WSEI w maju 2003 roku. Problematyka dotyczyła szans i zagrożeń, jakie stoją przed polskimi przedsiębiorstwami w przededniu przystąpienia Polski do Unii Europejskiej. Publikacja ta spotkała się z dużym zainteresowaniem pracowników naszej Uczelni, którzy wyrazili chęć nawiązania współpracy w celu publikacji swoich osiągnięć naukowych. W związku z ciągłym wzrostem liczby wartościowych artykułów do publikacji Wydawnictwo w 2005 roku uzyskało dla Zeszytów Naukowych nr ISSN, co podniosło prestiż naukowy czasopisma. Obecnie wydanych zostało 15 numerów Zeszytów Naukowych.

Celem Wydawnictwa jest jednak nie tylko promowanie dorobku naukowego swych pracowników. Równie ważna jest kwestia współpracy z innymi uczelniami, wymiana poglądów i doświadczeń. Okazją do tego są konferencje organizowane przez Uczelnię. Plonem tych spotkań są publikacje wygłoszonych artykułów w formie materiałów konferencyjnych (część ukazała się w serii Zeszyty Studenckie):

• Czynniki determinujące konkurencyjność przedsiębiorstw w dobie integracji europejskiej, Kraków 2004.
• Can the transitional and development ever catch up?, Kraków 2005.
• Problemy ekonomii i zarządzania. Materiały z I Ogólnopolskiej Studenckiej Konferencji Naukowej, Kraków 2009, Zeszyty Studenckie, nr 1.
• Problemy ekonomii i zarządzania. Materiały z II Ogólnopolskiej Studenckiej Konferencji Naukowej, Kraków 2011, Zeszyty Studenckie, nr 2.
• Problemy ekonomii i zarządzania. Materiały z III Ogólnopolskiej Studenckiej Konferencji Naukowej, Kraków 2012, Zeszyty Studenckie, nr 3.

Ponadto nakładem wydawnictwa ukazała się seria Zeszyty Dydaktyczne:

• Biznes plan
• Firma Symulacyjna
• Poradnik początkującego przedsiębiorcy
• Systemy zarządzania jakością w przemyśle spożywczym
• Rachunkowość zarządcza – zbiór wykładów